肃南县民族博物馆机构分为办公室、业务部、财务室、安保部三大部门。其中，业务部分为宣教室、文物管理室、研究室、文物档案管理室、陈列展览室等5个部门。

      办公室负责处理博物馆日常行政事务，做好后勤工作，配合业务部门做好业务计划。

      业务部门主要负责文物征集、保管、研究、鉴定、修复等文物保管工作，做好基本陈列展览的研究、设计、制作、布展等工作；做好群众性宣传教育工作，包括讲解接待工作，社会教育活动的策划实施等；做好文物档案的建立、保管等工作。

     财务室主要负责做好单位资金规范管理使用，资产保管、处置等，人事统计年报、职称晋升等工作。